Jako autor Flanagan został najlepiej zapamiętany ze swej książki Flanagans Version, zbioru refleksji na temat nauki, łączącej jasność przedstawienia tematu, zajmującą narrację i materiał anegdotyczny i świetnie oddającej jego życzliwe zadziwienie światem przyrody i przemyślnością zgłębiających jej tajemnice badaczy. Jedna z anegdot unieśmiertelnionych w książce Flanagana opowiada o tym, jak pewnego razu spotkał przypadkiem na lunchu słynnego krytyka filmowego, Pauline Kael, i zganił ją, że szczyci się tym, iż ni w ząb nie rozumie niczego z nauki. Kael podobno odpowiedziała: Aha, to z pana taka renesansowa szkapa! Była to wręcz genialna obelga i uśmiałem się do rozpuku pisał Flanagan. Nie mam nic.jego znakomitemu wyczuciu redaktorskiemu każde opublikowane w tym okresie zdanie zawdzięczało swoją konkretność i klarowność.